Die Hydrotherapie basiert zwar auf der klassischen Naturheilmethode ist jedoch zur Behandlung von Warzen meistens nicht ausreichend oder sie erwartet eine Menge Geduld. Die Anwendung nutzt die Heilkraft des Wassers in flüssiger, gasförmiger oder fester Form wobei die verschiedenen Temperaturen eine wichtige Rolle spielen. Zahlreiche Möglichkeiten machen es möglich dieses Verfahren zu verwenden, zum Beispiel in Form von Wadenwickel bei Fieber, als Kompresse, Sauna- oder Dampfbädergänge oder die beliebte Kneippkur. Die letztere Behandlungsform wird nun auch bei der Warzenbehandlung zur Stärkung des Immunsystems angewandt.

Hierbei werden abwechselnd mit kaltem und warmen Wasser Ganz- oder Teilbäder bzw. Duschen durchgeführt. Dadurch kommt eine bessere Durchblutung zustande, der Kreislauf wird angeregt und das Immunsystem wird dabei gestärkt, sodass dieses die Kraft hat, die Warzen verschwinden zu lassen.