Bei der Hydrotherapie handelt es sich um eine klassische Naturheilmethode. Sie ist jedoch für die Behandlung von Warzen in der Regel unzureichend. Auf jeden Fall erfordert sie sehr viel Geduld. Grundlage der Therapie ist der Glaube an die Heilkraft des Wassers, das in unterschiedlichen Temperaturen und Aggregatszuständen zum Einsatz kommt. Bekannte Anwendungsformen der Hydrotherapie sind beispielsweise Wadenwickel gegen Fieber, Kompressen, Sauna- oder Dampfbädergänge sowie die beliebte Kneippkur.

Kneippkuren werden auch bei der Warzenbehandlung zur Stärkung des Immunsystems empfohlen. Dabei werden Ganz- oder Teilbäder beziehungsweise Duschen mit kaltem und warmen Wasser durchgeführt. Dies fördert die Durchblutung und regt Kreislauf und Stoffwechsel an. Auf diese Weise werden die körpereigenen Abwehrkräfte gestärkt und im Kampf gegen die Warzen mobilisiert. Bewährt haben sich insbesondere heiße Bäder bei Warzen an Händen und Füßen. Diese führen zu einer verstärkten Durchblutung, die im Idealfall die Immunabwehr gegen das Warzenvirus verbessert.