Komplikationen treten bei der Warzentherapie glücklicherweise nur bei einigen Behandlungsmethoden auf. Möglich sind Wundheilungsstörungen, Schmerzen, Entzündungen, Blutungen und Blutergüsse. Dabei handelt es sich jedoch um vorübergehende Probleme. Um diese zu vermeiden, sollten Patienten die Behandlungsmethode stets mit einem Arzt besprechen. Wer sich an die ärztlichen Anweisungen hält und die Warzen nicht ständig berührt, muss normalerweise keine Unannehmlichkeiten befürchten.

Bei schwangeren Frauen, die unter starkem Feigwarzenbefall leiden, kann es in seltenen Fällen zur Verschließung der Geburtswege kommen. Die Entbindung erfolgt sodann per Kaiserschnitt. Dabei muss stets bedacht werden, dass Feigwarzen sowie auch andere Warzen aufgrund ihres viralen Ursprungs auf das Neugeborene übertragen werden können.