Komplikationen treten in den meisten Fällen nur durch einige Behandlungsmethoden auf. Abhängig von der Lage der Warze und der Behandlungsart können Nebenwirkungen auftreten. Mögliche Störungen können Wundheilungsstörungen, Schmerzen, Entzündungen, Blutungen und Blutergüsse sein. Diese bilden sich aber in der Regel schnell wieder zurück. Es sollte jedoch ausführlich die Behandlungsmethode mit einem Arzt besprochen werden.

Werden die Warzen in Ruhe gelassen, damit sie ausheilen können entstehen keine Komplikationen.

Bei schwangeren Frauen mit einem ausgedehnten Befall der Feigwarzen, kann es in seltenen Fällen zur Verschließung der Geburtswege kommen. Die Entbindung erfolgt dann schließlich durch einen Kaiserschnitt.