Die Prognose bei einer Warzenerkrankung ist in der Regel gut. Die meisten (ausgenommen Feigwarzen) heilen von alleine wieder ab. Das erfordert allerdings Zeit und Geduld. Leider ist es so, dass Warzen nach der Beendigung der Behandlung ebenso wie nach spontanem Abheilen gerne wiederkehren – entweder an derselben Stelle oder einer benachbarten Hautstelle. Ist dies der Fall, beginnt das ganze Prozedere von vorne.
Weniger gut sind die Aussichten für Patienten, die an Feigwarzen erkranken. In einigen Fällen entwickeln sich Riesenkondylome (Mediziner sprechen dann auch von Buschke-Löwenstein-Tumoren) oder es entstehen bösartige Wucherungen. In diesen Fällen ist eine umgehende Therapie notwendig.