Bei dieser Methode wird die verdickte Hornhautschicht, die die Warze bedeckt und die zudem das Virus beherbergt, aufgeweicht bzw. aufgelöst. Für den entsprechenden Wirkstoff gibt es verschiedene Applikationsformen, zum Beispiel Pflaster oder Tinkturen. Diese Arzneimittel werden von dem Arzt verschrieben und in der Regel nach dessen Anweisung von den Patienten zuhause angewendet. Das Erscheinungsbild der Warze verändert sich etwa ein bis drei Tage nach Beginn der Behandlung. Die verhornten Hautschichten erscheinen weißlich und aufgeweicht und können anschließend vom Arzt vorsichtig mit dem Skalpell abgetragen werden. Es ist nicht empfehlenswert, diese Hautschichten selbst zu entfernen, da Verletzungsgefahr besteht und so eine weitere Vermehrung der Warzen begünstigt wird.

Im Regelfall dauert es drei bis vier Wochen, bis die Warze vollständig verschwunden ist. Je nach Größe der Warze muss die Behandlung gegebenenfalls weitere Male durchgeführt werden. In einigen Fällen bleibt der Erfolg leider auch gänzlich aus.