Um abzuklären, um welche Warzenarten es sich handelt oder warum die Warze Beschwerden verursacht, untersucht der Arzt sowohl die betreffende Stelle als auch die umgebenen Hautregionen. Dabei verwendet er in der Regel ein Auflichtmikroskop. Das Erscheinungsbild der Warze sowie der Ort, an dem sie auftritt, genügen meist schon für eine Diagnose. Ist der Arzt sich dennoch nicht sicher, betupft er die Warze mit verdünnter Essigsäure. Mithilfe der eintretenden farblichen Veränderung des Gewebes gelingt dann der eindeutige Befund. Bestehen dennoch Zweifel, entnimmt der Arzt eine Gewebeprobe (Biopsie) und untersucht diese unter dem Mikroskop. Auf diese Weise lässt sich eine Warze zudem von einem Hauttumor unterscheiden.